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明末，人们迷信修仙炼丹拒绝求医，中医式微。少年医者李子明机缘巧合之下从一本破旧的《本草纲目》中召唤出药灵——冬葵仙子。她恳请世间唯一能和曾经的李时珍一样与药灵对话的李子明帮助药灵们收集因事故四散的《本草纲目》残页，拯救草药精灵们的世界，同时将《本草纲目》中记载的资料流传下来，将中医发扬光大。李子明医者仁心，不忍拒绝，从此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不断成长，收集残页的同时也与药灵们结下深厚羁绊。

女主阳萝目睹母亲被吸入一本天书，为了寻回母亲，阳萝开始四处收集天书，并在“藏书阁”昴和男主人公习语的陪伴下，克服了种种困难。随着收集的天书越多，阳萝发现母亲竟然是天书里面的人物，并与身为人类的父亲产生了爱的结晶，生下了自己。阳萝有一半天书血统的事瞬间引起了很多藏书阁的注意，并对阳萝采取了回收行动。于是阳萝一边应对这些藏书阁，一边加快速度收集天书。

金子，省厅叱咤法医界的法医之花，意外穿成胤朝一县丞家患有孤独症的女儿，众人口中克死生母的不祥人。但是，她已经不是从前那个逆来顺受的金子了。为了生存下去，她绝不逆来顺受；而骨子里法医的热血，也让她无法坐视冤案在眼前发生。就算在古代，就算身为闺阁娘子，她也要用自己的双手，来寻找真凶。不论如何穿越，她始终还是那个为活人昭雪，为死人伸冤的女法医！

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。