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明末，人们迷信修仙炼丹拒绝求医，中医式微。少年医者李子明机缘巧合之下从一本破旧的《本草纲目》中召唤出药灵——冬葵仙子。她恳请世间唯一能和曾经的李时珍一样与药灵对话的李子明帮助药灵们收集因事故四散的《本草纲目》残页，拯救草药精灵们的世界，同时将《本草纲目》中记载的资料流传下来，将中医发扬光大。李子明医者仁心，不忍拒绝，从此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不断成长，收集残页的同时也与药灵们结下深厚羁绊。

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。

面瘫的贫穷少女米娜吉没有想过有这一天： 这个国家最有钱的富翁竟然会找到她，并对外宣布：我找到了我的亲孙女！ 骄傲的少年胡格也没有想过这一天： 身为最大财阀唯一继承人、蝉联理想型男友第一名的自己，居然只不过是只占了别人巢穴的斑鸠？ 两个冤家的相遇，是命运的黑手？还是上天另有安排